线路清理是游戏进程中的重要环节，涉及解谜、战斗和资源管理。玩家需要掌握基础操作，包括行走、跳跃、攻击和使用特殊物品。熟悉地图功能至关重要，地图会标记已探索区域和未探索区域，同时标注重要地标或线路阻碍。物品栏的整理也不容忽视，合理归类斧头、绳索等关键道具能提高效率。清理线路时需注意路障类型，例如使用斧头移除挡路的树木，或使用绳索和木材修复断桥。
灯塔区域的线路清理是游戏的核心挑战之一。进入灯塔需输入密码北南西东东北（对应英文缩写NSWEEN），密码可从码头管理员处获得。灯塔内部设有复杂的电路谜题，玩家需调整红、黄、蓝三色电线，使其与外部接线口颜色匹配。电线块可上下左右移动，但灰色铁块会阻碍路径。建议先将灰色铁块移至角落，再规划通电路线。完成电路后，需用三角形钥匙打开一楼电箱并关闭电源，才能从二楼通风扇后取得摇把等关键道具。
工厂区域的线路清理需要胶布修复损坏的电路。将化石蛋放置在操作台上并启动开关可获取种子，种子需交给过去时间线的少年种植。返回现在时间线后，种子已长成大树，玩家可攀爬进入飞船。飞船门的密码位于工厂左侧房间，输入正确密码后进入飞船内部。飞船内需将异形块放入指定位置，并打开水箱放水。工厂右侧房间需按提示摆放物品，最终获得金色石饼。
清理线路时需注意环境中的潜在危险。部分区域会出现温野生动物，但仍需准备战斗。与遗迹壁画或地面符号互动可获取解谜线索，例如开启石门的机关或隐藏道具的位置。若遇到坚硬岩石阻挡，需寻找炸药清理。建议优先提升角色的智力和洞察力，以便更快识别谜题规律。定期挑战非主流线路探索，可能发现额外奖励或隐藏剧情。
完成线路清理后，需检查相关设备是否正常运行。例如修复灯塔电线后，需启动附近建筑物的电源使灯塔重新亮起。观察周围环境变化，可能触发新任务或剧情进展。若任务涉及时间线切换，需确保过去和现行动逻辑连贯。最终目标是通过线路清理解锁新区域，推动主线剧情发展。
