海底雷神瞳主要分布于稻妻地区的水月池、知比山、荒海及神无冢附近海域，其获取通常需要玩家完成特定的前置解密或满足环境条件，例如降低水位或解除封印。这些神瞳往往被安置在水下遗迹、洞穴或特定结界内部，探索前建议优先解锁该区域的传送锚点以方便往返。获取的核心关键在于理解各区域独特的机关机制，并提前准备好应对水下或屏障环境的手段，例如携带雷种子或使用特定角色技能。
水月池区域的池中宅邸水下雷神瞳需要完成一系列连贯的解密步骤。首先需找到控制水位的机关并将池水排干，从而进入地下空间。进入后，需操作闸门并按照特定顺序激活场景内的雷元素方碑或雷柱，通常需要雷元素角色进行触发。完成第一层解密后，机关会解锁被称为指针的雷霆探针，玩家需要借助雷种子来引导或激活这些指针，正确调整其方向是解开后续封锁的关键。一道传送门会被激活，利用雷种子进入即可直达雷神瞳所在位置。
在荒海区域的海底，雷神瞳常被封印在机关内部或特殊结界里。获取的基本流程是首先在雷樱树旁召唤雷种子，利用雷种子提供的保护穿过阻碍前进的雷屏障。随后进入暴露出的洞口或地下通道，在内部空间中找到雷神瞳并触碰即可获得。需荒海海底的部分封印对雷种子的等级有要求，必须通过完成神樱大祓等世界任务提升雷种子等级后才能进入。该区域也可能存在需要击败的敌人，建议提前清理以确保探索顺利。
知比山与神无冢海域的雷神瞳获取方法则侧重于环境互动与精准操作。在知比山，玩家需要携带雷种子深入山谷，找到并利用羽毛道具激活特定的雷鸟雕像，以维持雷种子的效力或开启通路，随后进入雷屏障内取得神瞳。而对于神无冢海面上悬浮的神瞳，则需要驾驶浪船接近目标位置，从船上起跳后使用下落攻击的方式快速沉入水下，从而触碰到神瞳。这些方法要求玩家熟悉游戏的基础操作与道具的使用时机。
成功收集雷神瞳后，可用于供奉稻妻地区的雷神像，以此提升神像等级并获得体力上限、原石等奖励。探索时建议广泛使用元素视野来发现隐藏的机关或互动点，并随时注意角色的体力值，尤其在飞行或游泳时。若遇到无法突破的雷屏障，通常意味着需要提升雷种子等级或尚未完成相关的前置任务。遵循从易到难的顺序进行收集，并善用地图标记功能，可以有效提升探索效率。
